Lo G-man ti risveglia dal sonno-stasi (chiamala come vuoi) ben 20 anni dopo l'accaduto a Black Mesa... le cose sono andate fottutamente a puttane, dopo gli eventi di Black Mesa e lo sbarco dei combine, la terra e i suoi eserciti umani sono durati ben 7 ore fino a che il subdolo Breen, convincendo le nazioni unite ad arrendersi, diventa di botto il nuovo dittatore supremo della terra, servo personale dei combine e principale amministratore di ogni cosa sul pianeta.
Il mondo è cambiato in questi 20 anni, gli squarci dimensionali che portavano i mostri di Xen si sono man mano aperti in tutto il pianeta, causando il panico generale e l'estinzione di quasi tutte le specie animali e vegetali terrestri.
La gente quindi si rifugia in queste "Città", numerosissime roccaforti sovrastate da una cittadella centrale (anche se la cittadella principale è quella di City 17, dove è ambientato Half life 2, in quanto è la sede di Breen) per proteggersi, anche se devono sottostare al pugno oppressivo dei Combine.
I Combine possono viaggiare tra universi, ma non nello stesso universo.
In pratica, possono entrare in altri universi ma non possono usare il teletrasporto per spostarsi nello stesso universo.
Ecco perché Kleiner ed Eli stavano progettando in segreto il teletrasporto (che non funzionerà, grazie al simpatico micio del dottore che rovinerà tutto, teletrasportandoti direttamente nell'ultimo piano della cittadella davanti agli occhi increduli di Breen, che allerterà ogni soldato combine di City 17) per spostare tutti gli sfollati lontano dalla città, in una base gestita da Eli Vance (il padre di Alyx, la gnocca asiatica che incontri ad inizio gioco)
Inutile dirti che facendoti strada tra zombie, formicaleone e altre aberrità del mondo Xen, arriverai da Breen, che come un bastardo subdolo cercherà immediatamente di scappare...
Ma da bravo guastafeste, Gordon gli spacca il giocattolino (il portale per l'overworld combine, dove breen stava scappando) e Breen viene smolecolarizzato.
Qui ritorna il G-man, che si congratula per quello che hai fatto (polverizzare Breen) e ti rimette in stasi.